In fondo alla navata centrale, nel mezzo dell’ampia zona presbiterale, delimitata da una artistica balaustra marmorea a colonnine ed alla quale si accede per tre gradini, si innalza questo altare, la cui struttura in marmi policromi pregiati contribuisce a rendere più solenne la sacralità della zona.

Opera del bergamasco Cosimo Fanzago, artista famoso nella lavorazione del marmo e nell’intarsio realizzato con lapislazzuli, con madreperle e con un’altra grande varietà di preziose pietre dure, avrebbe dovuto ornare la cappella di patronato della nobile Famiglia dei Filomarini, nella chiesa dei Santi Apostoli a Napoli.

Ma poiché detta cappella ebbe una sistemazione diversa da quanto in precedenza progettato e tale da non richiedere più la collocazione dell’altare del Fanzago, il vescovo Oronzo Filomarini, titolare della Diocesi di Gallipoli agli inizi del Settecento, lo acquistò a sua spesa e lo destinò alla ricostruita Cattedrale gallipolitana, che con lodevole mecenatismo si adoperava a rendere più sontuosa, affidandone l’incarico ad esperti maestri nell’arte del cesello ed a famosi artisti del pennello, come il tedesco Giorgio Aver ed il pittore Nicolò Malinconico.

L’altare maggiore è appunto una di quelle espressioni artistiche in tutto e per tutto simile a quello realizzato dallo stesso Fanzago per la Badia di Montecassino, andato però distrutto a seguito dai bombardamenti, durante la guerra 1940-45. Alla ineguagliabile sacra struttura fanno da corona la Cattedra vescovile ed il grande Coro in legno di noce intagliato, con i suoi quarantuno stalli. Nelle parti accessorie, l’altare è completato da preziose “cartegloria” in argento e da diversi grandi candelieri dalla doratura rutilante, che inquadrano un grande Crocefisso in legno del Settecento, opera di Giovanni Bernardino Genuino, sistemato al centro del Tabernacolo.

Gli intarsi policromi sono ovunque: nei pannelli di varia forma e dimensione che rivestono la struttura dell’altare, creando finissimi disegni di anfore con fiori e altri disegni dall’ornato perfetto nel quale sono inserite farfalle ed api svolazzanti: nelle volute laterali che sorreggono la mensa nell’alzato che ha al centro un artistico ciborio: nelle parti laterali dell’alzato stesso che terminano con le ricciute teste di cherubini scolpite nel bianco marmo ed ancora nella parte sottostante la mensa, dove l’intarsio presenta una decorazione che, di per sé sola, costituisce un vero capolavoro.